El proyecto se divide en tres etapas:

1- Remodelación del edificio de Ampliación.  En la primera etapa se propone remodelar el Edificio de Ampliación, donde se ubica la Dirección Ejecutiva del CENDEISSS, con el fin de optimizar el espacio, incluir nuevos puestos y trasladar la Administración, que actualmente se ubica en el Edifico Administrativo por reforzar.  El objetivo es concentrar todas las oficinas administrativas, poder diferenciar los espacios de funcionarios, visitantes y ordenar el flujo de personas.  El diseño de las oficinas se realizaría con base en la Guía de Estandarización de Espacios de Uso Administrativo y de Atención al Público.

2-Reforzamiento del edificio Administrativo.  En la segunda etapa se reforzaría el Edificio Administrativo. A nivel estructural, el proyecto consistiría en la intervención de elementos existentes (fundaciones, vigas y columnas) a efectos de aumentar su resistencia y ductilidad. A nivel arquitectónico, se eliminarían los muros de ladrillo existentes y se procedería con una remodelación completa, cumpliendo con la Ley 7600, proporcionando medios de egreso seguros y actualizando los sistemas electromecánicos. Adicionalmente, se independizaría el núcleo de escaleras, lo que permitiría eliminar la irregularidad en planta.  En este edificio se concentrarían los servicios de apoyo a las aulas y otros recintos complementarios a la actividad de formación y capacitación, entre ellos: zona de catering y comedor, almacenamiento de maniquís, laboratorio de cómputo, tele docencia y auditorio. 

3- Demolición del Edificio de Aulas y construcción de un nuevo edificio de aulas, BINASSS y EDNASSS.  Las aulas actuales se demolerían con el fin de eliminar los elementos estructurales de ladrillo cocido que se encuentran en mal estado y sustituir la configuración de anfiteatro por aulas planas, adaptables según la actividad educativa o evento por desarrollar.  Se construiría un módulo de tres niveles con cuatro aulas por nivel, con el fin de trasladar las aulas planas que se ubican en el Edificio de Ampliación y concentrarlas en un solo módulo de acceso a los visitantes. Este módulo permitiría recuperar la capacidad de aulas que tuvo el CENDEISSS cuando era viable dividir las aulas planas.  El nuevo módulo de aulas incluiría una ampliación donde se incorporarían los recintos del Área de Sistemas de Información.